Beim Abteufen von Schacht 1 kam es durch Wassereinbrüche zu Verzögerungen. In 13 m Teufe stiegen die Zuflüsse so stark an, dass ein zweiter Dampfkessel aufgebaut wurde musste. Von Ende 1873 bis Mitte März 1874 ruhte das Abteufen. Die Neuaufnahme verzögerte sich auch dadurch, dass alles benötigte Material mit Pferdefuhrwerken angeliefert wurde. Im Juni war der Schacht gesümpft und sollte weiter geteuft werden. Durch den Bruch eines Zahnrads an der Pumpenanlage soff der Schacht wieder ab und wieder kam es zu Verzögerungen. Nach dem Aufstellen einer neuen Pumpe konnten die Arbeiten Anfang September wieder aufgenommen werden. Bis zum Erreichen des Steinkohlegebirges kam es 1875 zu einem halben Jahr Verzögerung, da Schachtstösse einbrachen und größere Reparaturen fällig wurden.
Die geförderte Kohle war zwar Gaskohle, die normalerweise damals kaum nutzbar war. Ihr Gasgehalt war jedoch so niedrig, dass sie als Hausbrand abgestzt wurde. Die Überschussmengen transportierte der Gelsenkirchener Unternehmer Bischoff mit Pferdefuhrwerken in Akkord zum Bahnhof Essen-Carnap. [Er betrieb auch die größte Hauderei des Ruhrgebiets. Dabei vermietete er Pferde für den Betrieb unter und über Tage an Zechen.] Die Förderung stieg sprunghaft an, als 1879 der Eisenbahnanschluss zur Station Horst-Emscher-Nord fertig wurde. Ab September 1880 kam ein Gleis zum Bahnhof Gladbeck-Ost dazu. Es wurde durch Bombentreffer so stark beschädigt, dass es 1945 abgebaut wurde. Heute verläuft hier eine Strasse.
Der Zechenbetrieb wurde durch Wasserzuflüsse stark behindert. 1877 zwangen Zuflüsse das Abdämmen des nördlichen Hauptquerschlags auf der 1. Sohle. Hier lag der Schwerpunkt im Abbau, da südlich das des Schachts stark gestört war. Ende November 1882 kam es zu einem weiteren Wasserzufluss, der die Zeche absaufen liess. Zwar konnte ab 1883 wider normal gearbeitet werden, aber diesmal war das Flöz Hugo betroffen, das damals beste und ergiebigste der Zeche. Ausserdem war eine Verstärkung der Wasserhaltung nötig. Durch das Appumpen des salzhaltigen Wassers in der Wittringer Mühlenbach kam es zu starken Schäden bei gewässerten Wiesen und dem Absterben von Bäumen und Sträuchern. Auf polizeiliche Anordnung wurde ein Abwasserkanal zum Emscher-Umflut-Graben angelegt. Ohne ihn wäre der Grubenbetrieb untersagt worden.
Die hohen Temperaturen unter Tage veranlassten das Oberbergamt im Jahr einen zweiten Schacht zu fordern. Das Abteufen musste bis zum 1. April 1885 (offenbar kein Scherz) beginnen und ein stärkerer Ventilator wurde vorgeschrieben. Da die Zeche unter Kapitalmangel litt erhielt der neue Schacht keine Einbauten wie üblich. Die Förderkörbe wurden wie in England üblich an Seilen geführt (später Einbau von Spurlatten). Zunächst erlaubte die Bergaufsicht nur die Förderung, später auch die Seilfahrt.
Bis Ende 1931 blieb die Anlage Graf Moltke 1/2 selbständig. Die Förderung wurde danach auf der Anlage 3/4 gehoben. Bis dahin wurden die Tagesanlagen ständig modernisiert. Die teilweise verschlissene Kokerei lief 1920 aus und von 1923 bis 1925 abgebrochen. Die Seilfahrt blieb bestehen, ebenso die zentrale Druckluftversorgung für beide Schachtanlagen.
Im zweiten Weltkrieg wurde das St. Barbara-Hospital bei Luftangriffen 1943 und 1944 so stark getroffen, dass der Bau eines Notkrankenhauses für Schwerkranke nötig war. Dazu wurde der westliche Teil des Luftschutzstollen in der Bergehalde umgebaut. Drei Monate lang arbeiteten Bergleute und Kriegsgefangene, die auf der Zeche eingesetzt waren an der Umsetzung rund um die Uhr. 250 Kranke konnten versorgt werden. Der Krankenhausbereich war von öffentlichen Luftschutzstollen abgemauert. Ab dem 6. Januar 1945 wurden die ersten Schwerkranken aus den Kellerräumen des St. Barbara-Hospitals in den Stollen verlegt werden. Im März trafen mehrere Bomben die Halde. Schäden entstanden nicht, aber die Beleuchtung fiel aus. Mit Grubenlampen ging der Betrieb weiter. Operationen an Brandverletzten konnten mit Hilfe von Notstromaggregaten erfolgen. Das Wasser kam eine zeitlang in Kübeln vom Zechengelände. Der Stollen wurde später zugemauert.
Das Zechengelände sollte nach der Stilllegung mit Wohnungen bebaut werden, Doppelhäuser und Reihenhäuser - insgesamt mehr als 200 Wohneinheiten (Baugebiet Butendorf-West). Wegen der Kokereialtlasten verzögerte sich das ab 1982 geplante Vorhaben. Ende 2011 war nur der Bereich nördlich der Schächte 1 und 2 unbebaut. Etwa 2018 ist die gesamte Fläche bebaut, Diese sind eingezäunt und haben Protegohauben. Im Anschluss an die Wohnsiedlung entstanden ein Waldorfkindergarten und eine Waldorfschule, ein Hinweis auf die attraktive Lage.

Nach dem Erwerb der Zeche durch den Phönix begann im Jahr 1900 das Abteufen von Schacht 3. Er wurde gleich so dimensioniert, dass er für eine Doppelschachtanlage ausreichte. Diese wurde nach der Stilllegung von Schacht 1/2 zur Großschachtanlage ausgebaut. Ab 1931 wurde die gesamte Förderung auf Graf Moltke 3/4 gehoben und aufbereitet. Die Kokerei lief 1930 aus als die Zentralkokerei Norstern ihren Betrieb aufnahm.
Nach der Stilllegung wurden alle nicht nutzbaren Gebäude abgerissen und die verbliebenen gewerblich genutzt, u.a. das ehemalige Pförtnerhaus und die Waschkaue. Nach der Sanierung der Betriebsfläche steht diese als Gewerbegebiet zur Verfügung und ist Teil des Gewerbeparks Brauck, der als gelungene Anlage gelten kann - sehr übersichtlich und mit Grünflächen durchsetzt. Die beiden Schächte sind in einen Grünstreifen im Gewerbegebiet integriert und liegen an den Enden einer Schotterfläche durch Schilder mit den Koordinaten markiert. Davor stehen Kohlewagen mit Informationstafeln. Vor der Schachtkopfsicherung im Jahr 2007 waren die Schächte eingezäunt.
Die Zechenhalde geriet im Rahmen der Neugestaltung in Brand und musste aufwändig saniert werden, u.a. da direkt daneben eine Baumschule gegen die Emissionsbelästigung klagte. Auch nach 30 Jahren sind noch kleinere Glutnester im Haldeninneren vorhanden.

Im Süden der Schachtanlage Graf Moltke 3/4 hat sich eine künstliche Landschaft entwickelt, die aus mehreren kleineren Halden besteht, die nie zu einem Landschaftsbauwerk verschmolzen sind wie an anderen Standorten. Als einzige war die noch längerere Zeit aktive Halde Mottbruch nicht sofort begehbar. Auf den oberen Teil wurde noch ein nicht bepflanzter Teil aufgeschüttet, der nach dem Auslaufen wie ein Vulkankegel aussieht. Die Übergangsphase wurde vom Betreiber DSK Kunstwerk "Halde im Wandel" genannt.
Die Halde Graf Moltke ist nicht zugänglich, da sie im Inneren noch immer brennt. Allerdings nur noch auf "Sparflamme" im Vergleich zu Beginn des Brandes als immer wieder große Rauchschwaden von der Halde ausgingen. Die gleich daneben liegende Halde im Brauck ist stark verwildert und eine Art Abenteuerspielplatz. Die in Richtung Essen bis zur Schachtanlage Mathias Stinnes folgenden Halden sind recht gut mit einem Wegenetz erschlossen, das sich gut erwandern lässt, aber auch Strecken für Mountainbiker bietet. Auf der Halde 19 steht auf dem parkartigen Gipfelplateau eine Seilscheibe vom Schacht Mathias Stinnes 4, auf dem der Halde 22 findet man einen Unterstand mit einem als Sitzgruppe gestalteten Schachbrett und am nördlichen Rand steht eine Metallpalisade als Installation, die den Blick auf die Mottbruchhalde lenken soll. Die am weitesten südlich liegende Stinneshalde ist nie richtig gestaltet worden und kaum als solche zu erkennen, da sie nicht sehr hoch ist und sich natürlich begrünt hat.
Zwischen den nördlichen Halden fließt der renaturierte Nattbach, in den der ebenfalls renaturierte Wittringer Mühlenbach einmündet. In diesem stark vernässten und naturbelassenen Bereich ist ein Naturschutzgebiet ausgewiesen worden.