Entgegen den Erwartungen konnte der Schacht 1 ohne die befürchteten Wassereinbrüche abgeteuft werden, auch wenn es zeitweilig so aussah. Beim Schacht 2 gab es keine Schwierigkeiten und 1899 begann die regelmäßige Förderung. Der schnelle Ausbau der Anlage konnte durch eine eigene Ziegelei betrieben werden, für die in der Emscherniederung ausreichend Lehm vorhanden war. Später wurde ausschließlich Tonschiefer aus dem Nebengestein der Fettkohlenflöze verwendet, der ein sehr gutes Rohmaterial abgab. Eine zweite Ziegelei kam später dazu. Ziegeleien wurden auf vielen Zechen betrieben, da die nötigen Ziegel für den Bau der Zechengebäude, Schachtmauerung und Arbeiterwohnhäusern so preiswerter waren als zugekauft. In der Boomphase ab etwa 1890 konnte die überschüssige Produktion gut abgesetzt werden. 1910 wurden z.B. 9,6 Mio. Ziegel gebrannt und knapp 96000 Mark Gewinn erzielt. 1955 endete der Ziegeleibetrieb.
Zum ersten mal im Ruhrgebiet wurde beim Schacht 2 das gesamte Gebäude gegen die Außenluft abgekapselt. So wurde die Förderung stark erleichtert. Bei ausziehenden Schächten hatte man bisher Wettertüren direkt am Schacht, deren Öffnen und Schließen bei jedem Fördervorgang nötig wurde.
Die Zechengebäude waren durch eine lange Aufreihung von Gebäuden mit Tonnendach und die parallel angeordneten Ziegeleien und Koksöfen optisch recht beeindruckend. Eine 1910 entstandene Darstellung zeigt dies recht gut. Darauf sind auch Alltagsszenen wie die vor der Schicht anstehenden Bergleute und der Straßenverkehr mit noch tierischen Pferdestärken (buchstäblich 1 PS).
Die nördlich der Anlage aufgeschüttete Bergehalde geriet in Brand, der 1910 und 1911 durchbrach und für starke Belastungen im Stadtteil sorgte. Da er nicht gelöscht werden konnte kam nur das Abdecken der Brandherde in Frage. Unterirdisch glomm der Brand noch jahrelang weiter. Ab 1935 wurde die Halde abgetragen und das gemahlenen Material für den Spülversatz (auch auf Rheinpreußen) eingesetzt. Als Ersatz wurde nördlich von Schacht 6 eine neue Halde angelegt.
Am östlichen Ende des Zechengeländes wurde ab 1910 der Schacht 4 abgeteuft. Er wurde mit einer Turmförderanlage ausgestattet. Da diese mit Dampf betrieben wurde gab es Befürchtungen, dass der Turm in Schwingungen geraten könnte. Für einen elektrischen Antrieb reichte die Leistung der Kraftzentrale (erst später kam die Bezeichnug Kraftwerk auf) nicht aus. Im Betrieb gab es anfangs geringe Amplituden (5,5 mm und 4,5 mm), die nach einer Justierung ganz verschwanden. Der Schacht kam nur für den Nachweis der potentiellen Fördermenge in Betrieb und war danach Nebenschacht. Die Fördermenge wurde der Anlage 1/2 zugeschlagen. Er war einer der typischen Syndikatschächte. Durch ihn konnte Neumühl die Kokerei erweitern, da sie auch am Kokssyndikat beteiligt war. Die nicht benötigten Tagesanlagen wurden 1934 abgebrochen, der Schacht wurde nur noch zur Bewetterung weiter betrieben. Heute ist er mit einer Halle überbaut. Sicherheitshalber wurde eine Gasdrainage gebaut. Der neben der Halle liegende Rohrstutzen kann (wenn auch kaum wahrscheinlich) zu einer Protegohaube umgebaut werden.
Die Schächte 1 und 2 liegen im Bereich von Parkplätzen und sind an den Protegohauben zu erkennen.

Ab 1903 begann verstärkt der Abbau der Abbau von Fettkohle. Diese hat einen hohen Methangehalt. Um Schlagwetterexplosionen zu verhindert wurde nun mehr Frischwetter benötigt. Die kompakte Bauweise der Anlage 1/2 ließ es nicht zu größere Ventilatoren aufzustellen. Daher wurde etwa 900 m westlich der Schacht 3 abgeteuft. Er diente auch der Seilfahrt. Am Schacht wurde auch der Landabsatz der Zeche angesiedelt, der hier mehr Platz als am Schacht 1/2 vorhanden war. Dazu wurde die Kohle mit dem Zug hierher gebracht. Formal gehörte eine Kokerei zum Schacht 3. Diese wurde wegen der vorhandenen Infrastruktur neben der Kokerei 1/2 gebaut und aus formalen Gründen durch einen Zaun abgegrenzt. So wurden die Bestimmungen des Syndikats für den Koks erfüllt. Von 1912 bis 1925 war der Schacht 3 auch Förderanlage, danach nur noch Wetterschacht. Die Bergleute wurden ab 1926 mit Zügen untertage in ihre Reviere gefahren. Bis 1935 waren alle überflüssigen Gebäude abgerissen. Das Schachtgebäude nutzte in Teilen die SA.
Nach der Gesamtstilllegung wurde die Betriebsfläche abgeräumt und zum größten Teil zu Kleingärten umgestaltet. Am westlichen Rand entstand Wohnbebauung. Der Bereich um den Schacht ist verwildert. Über dem Schacht steht eine Protegohaube auf einem Betonsockel.

Der Schacht 5 wurde ab 1908 ganz nahe an der westlichen Markscheide abgeteuft. Er war als Spülschacht konzipiert. Der Kohleabbau unter der Emscher und der sich rasant entwickelnden Stadt Hamborn erforderte einen Bergeversatz, ohne den es keine Betriebserlaubnis gab. Als besonders effektiv galt der Spülversatz, bei dem Sand und Schlacken in die ausgekohlten Flöze eingebracht wurden. In diesem Fall kam es zu gerichtlichen Auseinandersetzungen, da über dem geplanten Abbau das Meidericher Hüttenwerk gebaut wurde und die damit verbundenen Auflagen den Schacht bei der Inbetriebnahme 1910 langsfristig unrentabel werden ließen. Inzwischen hatte der Einsatz von Schüttelrutschen beim Abbau den Handversatz preiswerter gemacht. Der Anteil des Spülversatzes lag daher immer unter 10%. Das Material wurde über eine elektrische Schmalspurbahn angeliefert. Als 1919 zudem ein Teil des Fahrdrahts gestohlen wurde endete der Versatz und der Schacht diente nur noch zur Bewetterung. 1928 kam der Schacht durch einen Feldertausch zur Nachbarzeche Friedrich Thyssen. Der Abbau im Westfeld war für Neumühl insgesamt wenig erfreulich. Die Markscheide lag unter dem Stadtkern von Hamborn. Dort wurden ca. 300000 t hochwertiger Kohle stehen gelassen, da der Abbau mit dem erforderlichen Versatz unrentabel war. Auch das durch den Tausch erhaltene neue Nordfeld brachte nach dem 2. Weltkrieg nicht die erhofften und für das Überleben der Zeche nötigen Aufschlüsse.
Heute präsentiert sich das Betriebsgelände als kleine begrünte Anschüttung. Der Schacht ist mit einer Tafel markiert.

Der ab 1906 betriebene Wetterschacht lag direkt am Rhein-Herne-Kanal und machte den Abbau im Südfeld möglich. Auf der Zeche waren die Temperaturen höher als sonst üblich. Pro 100 m stieg die Temperatur etwa 1° stärker als im Durchschnitt, bei der Teufe der tiefsten Sohlen machte das 8° - 10° aus. Dazu kam die Praxis bei Temperaturen über 28° C nur 7-Stundenschichten zu fahren. 1948 lag ihr Anteil bei 36%, was zusätzliche Kosten bedeutete. 1951 kam im Vortrieb weltweit zum ersten mal eine mobile Kältemaschine zum Einsatz. Heute gehört sie zum Standard unter Tage. Neben dem Schacht wurde der Hafen der Zeche angelegt.
So verkürzte sich der Transport zur Verschiffung drastisch durch die Anlage einer Kleinbahn. Davor war ein umständlicher Weg zur Kohleinsel im Ruhrorter Hafen nötig. Es kam daher der Plan auf, den Schacht 6 zu Hauptförderanlage auszubauen. Der 1. Weltkrieg und die nachfolgenden Ereignisse (Ruhrbesetzung, Weltwirtschaftskrise) verhinderten den Plan. Auch der Hafenbau (Planung ab 1912) verzögerte sich bis 1924.
Eine Pionierarbeit fand nahe des Schachts statt. Die hier gelegene Schleuse des Rhein-Herne-Kanals lag wegen des Sicherheitspfeilers zum Schutz der technischen Anlagen und möglicher Schiefstellungen der Schleusentore auf einer "Bergsenkungsinsel", da unter dem Kanal nur mit Versatz abgebaut werden durfte. Die Schleuse sollte daher abgesenkt werden, damit ein Mindestwasserstand garantiert blieb. Die abzubauenden Flöze lagen schon im Feld der östlich angrenzenden Zeche Concordia, waren aber kostengünstiger von Neumühl aus abzubauen. Daher wurde ein Pachtvertrag abgeschlossen wie in ähnlichen Fällen üblich. Das Verfahren diente als Vorlage für die Absenkung des Ruhrorter Hafen durch die Zeche Westende. 1938 begannen die Arbeiten und dauerten wegen Unterbrechung durch den 2. Weltkrieg gut 20 Jahre.
Das hölzerne Abteufgerüst von Schacht 6 blieb für die Befahrung bis 1948 stehen. Erst dann bekam es ein kleines Stahlgerüst und einen Befahrungshaspel. Heute steht über dem Schacht eine Protegohaube im Grünstreifen des daneben enstandenen Mercatorzentrums, einem mittelgroßen Einkaufszentrum.
Die Reste der nördlich von Schacht 6 gelegenen Halde wurden um die Jahrtausenwende zu einem Park umgestaltet.